使用多功能线性离子陷开发有针对性的蛋白质组学试验工作流程

科学领域:

• 质谱测量质量谱测量
• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 分析化学 分析化学

背景情况:

• 单细胞蛋白质组学需要高质量精度仪器,限制了可访问性.
• 三重四极仅限于针对性蛋白质组学.
• 线性离子陷 (LITs) 为目标和全球蛋白质组学提供了具有成本效益的替代方案.

研究的目的:

• 用混合四极-LIT仪器演示开发向蛋白质组学试验的工作流程.
• 通过全球数据独立采集 (DIA) 实现有针对性的蛋白质组学,而无需高质量精度.
• 为了评估这个工作流的性能,量化线性和一致性.

主要方法:

• 使用混合四极线性离子陷 (LIT) 质谱仪.
• 基于气相分数的数据独立采集 (DIA) 用于目标库生成.
• 使用EncyclopeDIA软件进行并行反应监测 (PRM),测试调度和定量.

主要成果:

• 在输入材料的三个数量级上实现了一致的量化.
• 证明了的定量线性,直到25倍稀释,只有1 ng蛋白质组.
• 流细胞计免疫细胞种群和基于LIT的蛋白质组免疫标记物之间在1 ng总蛋白质时显示一致性.

结论:

• 混合四极LIT仪器为向蛋白质组学提供了一个经济的解决方案.
• 这种工作流使质谱学在各种实验室环境中实现了民主化.
• 允许敏感和定量蛋白质组学,而不需要稳定的同位素标记标准.