使用AVITI使用人类,牛和野牛miRNA,小RNA或csRNA-seq库的高效小片段测序

科学领域:

• 基因组学和分子生物学
• 下一代测序 (NGS) 技术的技术

背景情况:

• 通过合成对Illumina的测序是NGS的标准,但Element Biosciences通过慕度 (AVITI) 的测序提供了潜在的优势,如改进的信号对噪声和降低成本.
• 由于AVITI依赖于滚动圆放大,因此对其对测序小RNA (sRNA) 分子的有效性提出了疑问,包括微RNA (miRNA) 和piwi相互作用RNA (piRNA).
• 捕获封闭的小RNAs (csRNA-seq) 对于绘制新生的RNA聚合酶II转录启动至关重要.

研究的目的:

• 开发和验证使用AVITI平台测序短DNA片段的协议,特别是sRNA和csRNA库.
• 为了比较AVITI和Illumina测序技术对不同物种sRNA和csRNA库捕获的性能.
• 评估基于AVITI的sRNA测序对改善家畜基因组注释的有用性.

主要方法:

• 在AVITI平台上开发了一种加速和优化的协议,用于对AVITI平台上的短DNA片段进行测序.
• 使用AVITI和Illumina技术,从人类,牛 (Bos taurus) 和野牛 (Bison bison) 样本中生成和分析sRNA和csRNA测序库.
• 分析了来自牛和野牛sRNA测序的新生转录起点 (TSSs) 数据.

主要成果:

• 证明AVITI测序与Illumina测序相比,在人类,牛和野牛中同等地捕获sRNA和csRNA库.
• 验证了AVITI用于测序短RNA分子的有效性,解决了以前对其小片段性能的担忧.
• 通过对新生转录起点的分析,确定了当前牛和野牛基因组注释中的不准确性,突出了使用sRNA测序改进注释的潜力.

结论:

• 开发的协议在AVITI平台上实现了无的短DNA片段测序,确认其对sRNA和csRNA应用中的Illumina的等价性.
• AVITI技术是sRNA和csRNA测序的可行和有效替代方案,提供与已建立的Illumina方法相似的结果.
• 小RNA测序方法,特别是使用AVITI应用时,可以显著提高牲畜基因组注释的准确性,并为这些物种的基因调节提供宝贵的见解.