一个不偏见的蛋白质基平台,用于基于活动的基化分析
Zongtao Lin1, Yixuan Xie1, Joanna Gongora1
1Department of Biochemistry and Molecular Biophysics, Washington University in St. Louis, St. Louis, MO 63110.
bioRxiv : the preprint server for biology
|June 10, 2024
概括
蛋白质化,一个由ATE1催化的关键修饰,现在可以使用我们的新型基于活动的化概况 (ABAP) 平台进行识别. 这种方法准确地区分了阿尔吉尼拉和翻译,揭示了新的修改站点.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 翻译后修改 翻译后修改
背景情况:
- 蛋白质 arginylation 是一个重要的后翻译修饰 (PTM),由 arginyl-tRNA-蛋白转移酶1 (ATE1) 催化.
- 由于质量相同,区分 arginylation 和翻译 arginine 残留物是具有挑战性的.
- 现有的方法缺乏特定性,无法无偏地识别化基质和化部位.
研究的目的:
- 开发一个基于活动的ARGINYLATION PROFILING (ABAP) 平台.
- 为了使无偏见地发现 arginylation 基质和精确的修饰地点.
- 为了克服区分 arginylation 与翻译 arginine 残留物的挑战.
主要方法:
- 将同位素氨酸标记集成到使用生物溶解物 (ex vivo) 的ATE1试验中.
- 通过避免活细胞和核糖体活动,消除转化偏差.
- 将ABAP平台应用于包括,蛋白质,细胞和组织在内的多种样本类型.
主要成果:
- 在人类蛋白质组中成功确定了229个独特的阿尔基尼化位点.
- 证明了平台在各种样本类型中的适用性,输入量最小 (20μg).
- 验证了具有代表性的 arginylation 位点,并启动了功能后续研究.
结论:
- ABAP平台提供了一种可靠的方法,用于真诚地识别 arginylation.
- 这项技术有助于对 arginylation 的功能性表征.
- 该平台在全球范围内适用,为更广泛的蛋白质化研究铺平了道路.
