长非编码RNA的CRISPRi屏幕识别了LINC03045调节质母细胞瘤入侵
Kathleen Tsung1, Kristie Q Liu1, Jane S Han1
1Department of Neurological Surgery, Keck School of Medicine, University of Southern California, Los Angeles, California, United States of America.
PLoS genetics
|June 10, 2024
概括
研究人员确定了LINC03045,一种新的长非编码RNA (lncRNA),对于质母细胞瘤的入侵至关重要. 它的击倒显著减少了瘤细胞的入侵,这表明了质母细胞瘤 (GBM) 的新治疗点.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学是一种遗传学.
背景情况:
- 质母细胞瘤 (GBM) 侵袭研究主要集中在蛋白质编码基因上,对长非编码RNAs (lncRNAs) 的研究有限.
- lncRNAs是缺乏蛋白质编码潜力的转录,它们在GBM入侵中的作用在很大程度上仍未被探索.
研究的目的:
- 进行无偏的功能性选,以确定参与瘤入侵的与GBM相关的lncRNA.
- 在GBM入侵中鉴定出 lncRNA候选物的作用机制的特征.
主要方法:
- 利用CRISPR干扰 (CRISPRi) 进行功能丧失查,以评估lncRNA敲击对Matrigel中的GBM细胞入侵的影响.
- 在多个GBM细胞系中使用CRISPRi和反感性寡核酸 (ASO) 介导的淘汰中验证的顶级候选者.
- 通过使用癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因型-组织表达 (GTEx) 数据集的生存分析来评估临床相关性.
- 通过进行差异基因表达分析和敲击/救援实验来研究分子机制.
主要成果:
- 鉴定了48个 lncRNAs,与降低GBM入侵 (33-83%) 显著相关.
- 最好的候选人LINC03045显示,侵袭减少了82.7%,其表达与GBM患者的存活率和瘤等级有显著的相关性.
- RNA测序揭示了WASF3作为一个关键的媒介,其表达与LINC03045水平高度相关;WASF3敲击减少了入侵,其过度表达挽救了入侵缺陷.
结论:
- 在CRISPRi查中,成功地确定了LINC03045作为在GBM入侵中关键的,以前未被注释的lncRNA.
- LINC03045表达是GBM患者存活率和瘤等级的显著预后生物标志物.
- 机理学研究表明,LINC03045调节GBM入侵,可能通过调节WASF3.
