使用权重基因共同表达网络分析,识别与纯磨砂玻璃结节相关的枢纽基因
Yuan Cheng1,2, Zuoqing Song3
1Department of Lung Cancer Surgery, Tianjin Medical University General Hospital, Tianjin, 300052, China.
BMC pulmonary medicine
|June 10, 2024
概括
确定纯粉碎玻璃结节 (pGGNs) 的生物标记基因至关重要. 这项研究利用生物信息学发现了像CCT3和RPL8这样的关键基因,为pGGN分子机制提供了洞察力.
科学领域:
- 肺部医学 肺部医学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 准确预测纯粉碎玻璃结节 (pGGNs) 中的侵入性成分仍然是一个重大的临床挑战.
- 确定可靠的pGGNs生物标志物对于早期诊断和治疗至关重要.
研究的目的:
- 通过生物信息学分析,识别纯地玻璃结节 (pGGNs) 的潜在生物标记基因.
- 阐明pGGN的基础分子机制.
主要方法:
- 公共数据集 (GEO) 的差异基因表达分析.
- 权重基因共同表达网络分析 (WGCNA) 以确定与pGGN相关的关键模块.
- 使用STRING和Cytoscape构建蛋白与蛋白相互作用网络并识别枢纽基因.
- 使用聚合酶链反应 (PCR) 验证枢纽基因表达.
主要成果:
- 鉴定了4475个差异表达基因 (DEG),其中225个DEG在与pGGN相关的关键模块中.
- 他们选择了六个重叠的枢纽基因 (RPL4,RPL8,RPLP0,RPS16,RPS2,CCT3).
- 与对照组相比,pGGN瘤组织中CCT3和RPL8的相对mRNA表达水平发生显著变化.
结论:
- 鉴定出差异表达的基因,通路和枢纽基因,为pGGN提供了潜在的分子洞察力.
- CCT3和RPL8可以作为纯地玻璃结节的潜在生物标志物.
