在豆 (Vigna radiata L.) 中的B盒基因家族的全基因组识别,分子进化和表达分析

科学领域:

• 植物分子生物学 植物分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 豆 (Vigna radiata L.) 是一种重要的豆类作物,因其耐压力特征而有价值.
• B-box (BBX) 蛋白质是植物发育和应激反应的关键调节者.
• 豆中的BBX基因家族在很大程度上仍未被描述.

研究的目的:

• 识别和分析豆 (Vigna radiata L.) 中的B盒 (BBX) 基因家族.
• 研究豆BBX基因的进化关系,基因结构和表达模式.
• 为了确定参与植物应激反应的候选BBX基因.

主要方法:

• 综合生物信息学分析用于基因识别和表征.
• 遗传学分析将BBX基因分类为组.
• 对基因结构,保存的基因和cis作用元素的分析.
• 用于表达分析的RNA测序 (RNA-seq) 和定量实时PCR (qRT-PCR).

主要成果:

• 在豆中确定了23个B-box (BBX) 基因,被指定为VrBBX基因.
• 遗传学分析将VrBBX基因分为五个不同的群.
• 同质性和对线性分析表明BBX基因的保守进化.
• 基因重复主要通过染色体细分重复发生,大多数对处于净化选择之下.
• 对cis作用元素的分析显示了对应激和荷尔蒙反应元素的丰富.
• 表达式分析表明,VrBBX基因对环境压力做出反应,确定了VrBBX5,VrBBX10和VrBBX12作为关键候选者.

结论:

• 在压力条件下对豆BBX基因家族的基因组特征和表达模式进行系统分析 (ABA,PEG,NaCl).
• 提供了对豆BBX基因家族复杂性的宝贵见解.
• 提供了基础信息,用于未来的功能研究的压力耐受性特定的VrBBX基因.