检测DNA污染在产前样本从整个外测序数据的检测
Sanne P Smeekens1, Raoul Timmermans1, Dineke Westra1
1Department of Human Genetics, Radboud university medical center, Nijmegen, the Netherlands.
Clinical chemistry
|June 12, 2024
概括
在产前样本中的母细胞污染可以通过单独使用整个外基因组测序 (WES) 数据可靠地检测到. 这种生物信息学方法消除了单独污染测试的需要,提高了产前诊断的准确性.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 产前诊断 在产前诊断
背景情况:
- 在产前样本中的母细胞污染 (MCC) 可能会在遗传分析期间误诊.
- 目前的MCC测试与初级诊断方法是独立的程序.
- 整个外体序列测序 (WES) 越来越多地用于产前诊断.
研究的目的:
- 开发一种方法,直接从WES数据中估计母细胞污染水平.
- 消除需要单独的MCC测试程序的必要性.
- 将污染评估纳入产前样本的WES工作流程.
主要方法:
- 在WES数据中模拟和诱导污染,以研究其影响.
- 开发了一种生物信息 WES 污染检测方法.
- 验证了WES方法与黄金标准短串重复 (STR) 测试对MCC检测 (≥5%污染) 的验证.
- 监测了15个月的实施后的绩效.
主要成果:
- 在270个样本中,在259个样本中,WES和黄金标准测试显示了一致的结果.
- 在WES检测的11个样本中,黄金标准测试没有检测到污染.
- 361个样本的实施后数据支持了验证结果,证实了WES的可靠性.
结论:
- 通过WES数据可可靠地检测出母细胞污染.
- 在使用WES时,对于大多数产前样本不需要单独的MCC测试.
- 开发的生物信息学方法提高了产前遗传分析的效率和准确性.


