三种不同的峰值采集软件工具对非目标代谢学数据质量的影响

科学领域:

• 代谢学 代谢学 代谢学
• 分析化学 分析化学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 数据质量和控制在代谢学中至关重要.
• 峰值采集软件的性能各不相同,只有有限的研究使用新的质量指标比较多个解决方案.
• 现有的研究往往侧重于单个软件或数据采集方法,而不是综合评估.

研究的目的:

• 评估三种峰值采集软件 (MS-DIAL,MZmine,Progenesis Qi) 在代谢学中的性能.
• 用既定和新的参数来评估软件的可重复性和输出质量.
• 引入和验证特征线性和峰值宽度作为关键质量控制指标.

主要方法:

• 使用数据依赖获取 (DDA) 和全扫描数据对MS-DIAL,MZmine和Progenesis Qi进行比较分析.
• 对加样品的分析物回收的评估.
• 在度梯度中评估特征线性.
• 分析峰值宽度分布及其对特征识别的影响.
• 真正正面特征的手动分类用于准确性评估.

主要成果:

• 在DDA数据中,MS-DIAL显示了尖端分析物的优异恢复和更高的真实阳性率 (62%).
• 所有软件在项目中都表现出良好的可重现性,但功能数量因采集类型而异 (全扫描在MZmine和Progenesis Qi中产生了更多功能).
• 特征线性是质量的强有力的指标,MS-DIAL和MZmine显示出良好的线性,而进化显示出显著的变化.
• 峰值宽度分析揭示了MZmine和Progenesis Qi的可疑特征,特别是来自全扫描数据的短特征.

结论:

• 对于有针对性和无针对性的代谢学分析,MS-DIAL和MZmine提供了强大的性能.
• 根据评估的质量参数,商业软件Progenesis Qi没有显示出它与开源选项相比的优势.
• 建议特征线性和峰值宽度作为代谢学数据处理的有价值的质量控制参数.