cisDynet:用于建模基因调节动态和网络的综合平台
Tao Zhu1, Xinkai Zhou1, Yuxin You1
1State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, School of Life Sciences Nanjing University Nanjing China.
cisDynet提供了一种全面的解决方案,用于分析染色体可访问性数据,简化预处理,并使网络构建和GWAS变体丰富等高级下游分析成为可能. 这个工具简化了研究人员对表观基因组数据的探索.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 染色体可访问性测序 (例如ATAC-seq) 对于理解基因调节和基因网络至关重要.
- 整合大规模的可访问性数据集是具有挑战性的,因为分散的工具专注于预处理.
- 对表观基因组数据的预处理和下游分析都需要一个全面的端到端解决方案.
研究的目的:
- 引入cisDynet,这是一个整体计算解决方案,用于简化染色体可访问性数据分析.
- 为表观基因组数据的基本和高级下游分析提供一个用户友好的平台.
- 促进多种表观基因组数据集的整合,并加强监管机制的发现.
主要方法:
- 开发了cisDynet,集成了Snakemake和R,以实现高效的数据预处理.
- 实施了先进的下游分析模块,包括峰值注释,差异分析,图案丰富和网络构建.
- 应用 cisDynet 对 ENCODE ATAC-seq 数据和小鼠胚胎发育时间过程数据.
主要成果:
- cisDynet成功地划分了特定于组织的开放色素区域 (OCR),并将它们与基因联系起来.
- 该工具能够对1861个具有OCRs的全基因组关联研究 (GWAS) 变体进行丰富分析.
- 对时间过程数据的分析揭示了动态的OCR行为,并确定了小鼠发育中的关键转录因素.
结论:
- cisDynet提供了一个用户友好的,可重复的解决方案,用于全面的表观基因组数据探索.
- 该平台简化了复杂的分析,减少了对广泛编码的需求.
- cisDynet提高了发现遗传调节机制和构建基因调节网络的能力.
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