选择和应用小型非编码RNA来规范牛前植入胚胎条件介质的RT-qPCR数据
Yuan Fan1, Krishna Chaitanya Pavani2, Osvaldo Bogado Pascottini3
1Department of Veterinary and Biosciences, Faculty of Veterinary Medicine, Ghent University, 9820, Merelbeke, Belgium.
Theriogenology
|June 13, 2024
概括
确定牛胚胎条件介质中稳定的小非编码RNA (sncRNA) 对于准确的质量评估至关重要. tDR-1:32-Gly-CCC-1被验证为可靠的参考sncRNA,用于在牛胚胎细胞分析中将RT-qPCR数据正常化.
科学领域:
- 生殖生物学和生物技术生殖生物学和生物技术
- 分子诊断学 分子诊断学
- 发现生物标志物的发现.
背景情况:
- 牛胚胎条件介质 (CM) 中的小型非编码RNA (sncRNA) 是胚胎质量评估的有希望的非侵入性生物标志物.
- 准确量化sncRNA水平对于可靠的生物标志物分析至关重要.
- 像RT-qPCR这样的RNA量化技术的标准化需要稳定的参考小RNA.
研究的目的:
- 识别和验证稳定的小型非编码RNA (sncRNAs) 以在牛胚胎条件介质 (CM) 中规范RT-qPCR数据.
- 评估候选sncRNAs在不同牛胚胎发育阶段的表达稳定性.
- 评估sncRNAs作为潜在的生物标志物,用于区分囊胚和退化的牛胚胎.
主要方法:
- 小RNA测序在CM上从牛胚芽细胞和退化的胚胎中进行.
- 评估了10个选定的sncRNAs,cel-miR-39 (spike-in) 和U6 snRNA的表达稳定性.
- 用RT-qPCR量化sncRNA水平并验证参考sncRNAs.
- 确定了候选sncRNAs用于正常化和差异表达分析.
主要成果:
- rsRNA-1044在双细胞阶段的胚胎CM中表达最稳定.
- tDR-1:32-Gly-CCC-1在CM中表现出最高的稳定性,从超越2细胞阶段的阶段开始.
- tDR-1:32-Gly-CCC-1被验证为一个合适的参考sncRNA,用于正常化来自母细胞囊和退化的胚胎CM的RT-qPCR数据.
- 与退化的胚胎CM相比,在胚胎CM中Bta-miR-155和tDR-39:75-Arg-CCG-2显著上调.
结论:
- tDR-1:32-Gly-CCC-1 是一种可靠的小型非编码RNA参考基因,用于在牛胚芽细胞条件介质中规范RT-qPCR数据.
- 这种规范化策略提高了使用sncRNAs对牛胚胎质量的非侵入性评估的准确性.
- 像Bta-miR-155和tDR-39:75-Arg-CCG-2这样的升级调节的sncRNA可以作为牛胚胎发育能力的特定生物标志物.
