在海感染期间对大西洋鱼转录组和甲基组的环境影响

科学领域:

• 海洋生物学 海洋生物学
• 鱼类免疫学 鱼类免疫学
• 环境基因组学 环境基因组学

背景情况:

• 环境条件影响鱼类的免疫反应和宿主-病原体相互作用.
• 了解环境因素如何在寄生期间调节鱼基因组至关重要.
• 海Caligus rogercresseyi对大西洋鱼水产养殖构成重大威胁.

研究的目的:

• 为了研究温度和盐度对大西洋鱼 (Salmo salar) 转录组和甲基组在海感染期间的影响.
• 为了确定环境条件,尽量减少寄生虫负载.
• 在不同的环境条件下探索基因表达,替代拼接和DNA甲基化之间的关系.

主要方法:

• 在受控温度 (8°C和16°C) 和盐度 (32 PSU和26 PSU) 条件下,试验感染大西洋鱼的海.
• 整体转录组测序 (RNA-seq) 用于分析基因表达特征.
• 减少表示双硫酸盐测序 (RRBS) 来评估DNA甲基化模式.

主要成果:

• 寄生体负载在8°C和26PSU时最低.
• 转录组概况显示了与低温/盐度条件下的替代拼接事件相关的显著差异.
• 温度显著影响了DNA甲基化水平,在16°C时观察到更差异化的甲基化区域.
• 发现了拼接转录表达,甲基化水平和包括铁亡和托尔类受体 (TLR) 在内的途径之间的相关性.

结论:

• 环境条件在调节大西洋鱼对海感染的反应中起着至关重要的作用.
• 替代拼接事件和差异甲基化区域 (DMRs) 联系在一起,是鱼寄生虫相互作用的新因素.
• 调查结果强调了环境管理在减轻鱼养殖中的寄生虫感染方面的重要性.