对比的种群基因组学揭示了杏仁 - 桃子 - 梅子 - 梅综合体中的收和分歧选择
Xuanwen Yang1,2,3,4, Ying Su3,5, Siyang Huang3
1Key Laboratory of Plant Resource Conservation and Germplasm Innovation in Mountainous Region (Ministry of Education), Institute of Agro-bioengineering/College of Life Sciences, Guizhou University, Guiyang 550025, China.
对杏仁-桃子-梅复合体的基因组分析揭示了选择特征. 这项研究揭示了在Prunus物种中影响果实特征和作物进化的一致和分歧选择.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 植物科学 植物科学
背景情况:
- 在经济上重要的普鲁努斯 (Prunus) 属,包括水果和坚果,显示了各种特征的化.
- 在普鲁努斯 (Prunus) 属内,对融合和分离选择的基因组证据仍然在很大程度上未被探索.
研究的目的:
- 为了识别 - 桃 - 梅 (APPM) 复合体中的融合和分离选择的基因组特征.
- 为了利用哈普洛型解析的端粒到端粒 (T2T) 基因组组合和人口重新排序数据来进行比较的人口基因组学.
主要方法:
- 使用HiFi和Hi-C读取,组装一个子的哈普洛型解析的T2T参考基因组.
- 进行比较基因组学,以识别跨APPM物种的染色体结构变异,如转位.
- 人口遗传分析以检测基因流动,内进和选择性扫描.
主要成果:
- 在杏仁基因组中发现了大约1.17 Mb的染色体转位,影响*D*位点并影响水果酸度和糖含量.
- 在梅子和杏子之间观察到显著的基因流动和内进,特别是在与发育和花粉发芽相关的基因中.
- 检测到对应力耐受性,花朵发育和果实成熟的收选择,以及对体质胚胎生成 (梅) 和激素调节 (桃) 等特定特征的分歧选择.
- 染色体7的选择性扫描与水果软化基因 (*PG*) 有关,由 *ERF* 和 *RMA1H1* 调节.
结论:
- 这项研究阐明了APPM复合体的遗传多样性,进化历史和化模式.
- 这些发现为未来的遗传研究和在Prunus作物中的育种计划提供了宝贵的见解.
- 鉴定到的基因组特征为了解Prunus物种的作物改进和适应提供了基础.
更多相关视频
07:03Establishing Pollination Requirements in Japanese Plum by Phenological Monitoring, Hand Pollinations, Fluorescence Microscopy and Molecular Genotyping
Published on: November 9, 2020
12:33Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing
Published on: July 28, 2017
相关概念视频
Frequency-dependent Selection
Gene Evolution - Fast or Slow?
In contrast, regions which code...
Gene Flow
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Types of Selection
Genetics of Speciation
