病毒感染宿主细胞的元转录组RNA-Seq数据分析
Nooran Abu Mazen1, Jessica Luc1, Briallen Lobb1
1Department of Biology, University of Waterloo, Waterloo, ON, Canada.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|June 18, 2024
概括
本指南详细介绍了病毒感染细胞的RNA测序 (RNA-seq) 分析,包括病毒量化和基因组组装. 它提供生物信息工作流程,用于使用混合RNA样本研究宿主病毒相互作用.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- RNA测序 (RNA-seq) 对于了解感染期间宿主病毒相互作用至关重要.
- 分析病毒和宿主转录动态,可以了解感染机制.
- 现有的方法需要针对混合RNA样本的特定生物信息协议.
研究的目的:
- 为病毒感染宿主细胞中RNA测序数据分析提供全面指南.
- 概述生物信息工作流程,用于混合宿主病毒RNA样本的共同分析.
- 作为研究人员分析来自感染细胞或临床样本的RNA-seq数据集的起点.
主要方法:
- 生物信息协议开发用于病毒丰度量化.
- 从混合RNA样本进行病毒基因组组装的方法.
- 对宿主和病毒转录的差异基因表达分析工作流程.
主要成果:
- 在混合样本中量化病毒RNA的既定协议.
- 从复杂的数据集组装病毒基因组的演示工作流程.
- 提供了差异表达分析的方法,以识别宿主病毒转录变化.
结论:
- RNA-seq分析提供了一种强大的方法来研究宿主病毒相互作用.
- 概述的生物信息工作流程有助于对感染样本进行全面分析.
- 这份指南使研究人员能够有效地研究病毒动态和宿主反应.


