将一个大规模的前列腺癌结果数据集转换为OMOP共同数据模型 - - 从科学数据持有者的角度来看经验
Nora Tabea Sibert1, Johannes Soff1, Sebastiano La Ferla2
1Health Services Research Department, German Cancer Society, 14057 Berlin, Germany.
Cancers
|June 19, 2024
概括
前列腺癌结果研究数据被转化为OMOP共同数据模型 (CDM),以促进国际研究合作. 这种协调使得前列腺癌研究的数据共享和结果合并成为可能.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 医疗信息学 医疗信息学
- 数据科学数据科学数据科学
背景情况:
- 国际研究合作需要标准化数据模型,以便有效地共享和分析数据.
- 观察健康数据科学和信息学 (OHDSI) 社区开发了OMOP共同数据模型 (CDM) 用于联合数据分析.
- 前列腺癌结果 (PCO) 研究收集了使用其自己的规范 (OncoBox研究前列腺) 收集全面的前列腺癌数据.
研究的目的:
- 描述将PCO研究数据迁移到OMOP CDM中的过程.
- 加强PCO研究的数据可访问性,以促进更广泛的国际研究合作.
- 为了使不同机构能够共享分析脚本和合并结果.
主要方法:
- 从PCO研究的OncoBox研究前列腺规范数据传输到OMOPCDM.
- 与一家专门从事数据转换为OMOP CDM的IT公司合作.
- 将PCO研究数据字段映射到OMOPCDM结构中.
主要成果:
- 在49692例前列腺癌病例中,有392例在OMOPing过程中被排除在外.
- 在318个数据字段中,有247个成功地映射到OMOP CDM中.
- 现在可以使用包含OMOPed PCO研究数据的PostgreSQL数据库.
结论:
- OMOPed PCO研究数据为整合到更大的研究联盟而准备.
- 这种数据协调支持前列腺癌的合作研究工作,例如EHDEN和OPTIMA项目.
- 为推进瘤学领域的联合研究,对OMOPCDM数据的标准化至关重要.
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