系统基因组学盐度应激响应在米的系统基因组学

科学领域:

• 植物遗传学 植物遗传学
• 进化生物学是进化的生物学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 基因表达的变化对于适应环境压力至关重要.
• 基因表达在调解应激反应和适应中的作用尚未完全理解.
• 了解这些机制对于改善作物至关重要.

研究的目的:

• 研究度压力下的大米基因表达变异的选择和演变.
• 为了确定在盐应激适应过程中基因表达变化的遗传基础.
• 探索 cis 和 trans 调节元素的进化动态.

主要方法:

• 使用了来自780个Oryza sativa ssp.的整合性现场数据集. 印加 (大米) 植物.
• 在正常和盐应激条件下分析了基因组,转录组和表型变异.
• 检查了cis-和trans-eQTL及其与压力下基因表达的关联.

主要成果:

• 盐度压力显著增加了对基因表达的选择性压力.
• 跨-eQTLs,而不是cis-eQTLs,主要与盐度应激下的基因表达有关,这表明主调节器参与.
• cis-trans增强比cis-trans补偿更为普遍,可能反映了化后的多样化.
• 基因固定是观察到的补偿/增强的基础.
• Cis-eQTL正在进行平衡选择,而 trans-eQTL正在进行净化选择.

结论:

• 盐度压力对大米中的基因表达施加强大的选择性压力.
• 跨调节元件在米基因表达适应盐应激过程中发挥主导作用.
• 转增强的普遍性表明它在米多样化和适应方面发挥了作用.
• 了解这些进化动态,可以了解作物弹性和适应各种压力的适应策略.