基因分析基于Streptococcus equi亚种的下一代测序. 在日本进口的马匹中分离出来
Kei Nakajima1, Kazufumi Kasuya2, Hironobu Senba3
1Moji Branch Shinmoji Quarantine Facility, Animal Quarantine Service, MAFF, Fukuoka, Japan.
The Journal of veterinary medical science
|June 19, 2024
概括
对Streptococcus equi亚种的基因组分析. 从进口马匹中分离出来的同样样物质揭示了不同的种群群体. 致病基因在临床和亚临床病例中一致,这表明先前暴露会影响疾病状态.
科学领域:
- 马类传染病 马类传染病
- 细菌学 细菌学是一门学科.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 窒息,是由Streptococcus equi亚种引起的. 马类传染性疾病 (equine infectious disease) 是全球重要的马类传染性疾病.
- 了解S. equi的遗传多样性和特征对于进口马的疾病控制至关重要.
研究的目的:
- 从进口到日本的马中分离的S. equi进行全基因组测序.
- 研究基因关系并确定这些隔离物中的致病性和抗菌素耐药性基因.
- 探索隔离基因,临床状态和潜在来源之间的相关性.
主要方法:
- 来自进口马的19个S. equi分离物的全基因组测序 (15个临床,4个亚临床).
- 核心基因组单核酸多态性分析用于人口结构的确定.
- 贝叶斯人对人口结构的分析 (BAPS) 来分组隔离物.
- 分析已知的致病性和抗微生物耐药性基因的存在.
主要成果:
- 19个S. equi分离物聚集在3个不同的BAPS组中,与出口国,SeM类型或出口商相关联.
- 所有分离物共享相同的致病基因组,无论宿主的临床状态 (临床或亚临床).
- 在任何分析的分离物中都没有检测到抗菌素耐药性基因.
结论:
- 在进口马中,S. equi分离物的遗传构成,包括毒性因子,在临床和亚临床表现中保持不变.
- 亚临床感染可能代表了先前的暴露,疾病的表现受到特定致病基因存在之外的因素的影响.
- 基因组洞察力有助于追踪S. equi菌株的起源,并了解马群中的疾病动态.
