在Parcubacteria中基因组精简,从土壤过渡到地下水

科学领域:

• 微生物生态学 微生物生态学
• 基因组学就是基因组学.
• 环境微生物学 环境微生物学

背景情况:

• 候选生物辐射 (CPR) 细菌,特别是超小的Parcubacteria,主导漏水.
• 了解息地对细菌基因组的影响对于微生物生态学至关重要.

研究的目的:

• 研究如何从土壤过渡到漏水,然后到地下水影响Parcubacteria的基因组组成.
• 在不同的水生息地比较细菌的基因组含量.

主要方法:

• 基因组解析的元基因组学被用来产生细菌元基因组组装基因组 (MAGs).
• 318个MAG是由漏水产生的,并与地下水对应物进行比较,重点是32个ParcubacteriaMAG.

主要成果:

• 包括Parcubacteria,Proteobacteria和Bacteroidota在内的细菌在漏水中表现出与地下水相比显著更大的基因组大小.
• 入水中的帕克巴菌体的平均基因组大小是地下水中的1.18倍,伪基因的平均比例是地下水中的2倍.
• 独特的基因,包括膜蛋白和脂糖抗性基因,在入的Parcubacteria中被发现,而酸盐还原酶基因是地下水Parcubacteria独特的.

结论:

• 包括Parcubacteria在内的漏水细菌拥有比它们的地下水对应物更大的基因组和更大的代谢丰富.
• 地下水细菌可能会经历基因组简化,以应对在寡头性环境中的选择.
• 息地特定的基因组适应在居住在土壤透水和地下水生态系统中的细菌中很明显.