商用TIMS-Q-TOF平台的评估,用于原生质谱测量
Erin M Panczyk1,2,3, Yu-Fu Lin1,2, Sophie R Harvey1,2
1Department of Chemistry and Biochemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, United States.
这项研究评估了一个被困离子流动性-四极-飞行时间 (TIMS-Q-TOF) 平台,用于蛋白质复合体的原生质谱. 虽然对较小的复合体有效,但对分析较大的蛋白质组件需要修改.
科学领域:
- 结构生物学 结构生物学
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 质谱测量对于蛋白质分析至关重要,对于完整的蛋白质和具有独特的仪器.
- 捕获离子移动性光谱-四极-飞行时间 (TIMS-Q-TOF) 已为蛋白质组学和代谢学建立,提供了一个额外的分离维度.
- 它在蛋白质复合体的高质量原生质谱学中的应用尚未得到充分研究.
研究的目的:
- 评估商业TIMS-Q-TOF平台适用于非共价蛋白质复合物的原生质谱的适用性.
- 通过其全方位的离子移动性,MS和MS/MS功能来研究仪器的能力.
- 确定分析较大的蛋白质复合体的局限性和潜在修改.
主要方法:
- 使用商业TIMS-Q-TOF平台进行本地质谱测量.
- 采用TIMS分析仪的轻微调整,以获得本地类复合体的碰撞截面.
- 执行源内激活和碰撞诱导解离 (CID) 用于MS/MS分析.
- 与各种蛋白质复合物进行了测试,包括链状维丁,阿维丁,霍乱毒素B,Pyruvate kinase和GroEL.
主要成果:
- 蒂姆斯分析仪提供了与较小的原生蛋白质复合体现有平台相比较的碰撞截面.
- 源内激活和碰撞细胞CID证明对小型和大型复合体都有效.
- 成功分析了高达~60kDa的蛋白质复合物 (例如,链条维丁,阿维丁,CTB).
- 较大的复合物 (pyruvate kinase,GroEL) 超过了捕获能力,但可以获得TOF质谱.
- 该平台既适用于omics,也适用于本地质谱.
结论:
- 商业TIMS-Q-TOF平台显示出对蛋白质复合物的原生质谱学的希望.
- 对大约超过60kDa的蛋白质复合体的分析需要对仪器的射频驱动器进行修改.
- 未来的工作应该集中在优化TIMS分析仪和四极管用于高质量蛋白质复合体分析.
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