扫玉米小米的完整参考基因组
Haigang Wang1, Junjie Wang2, Chunhai Chen3
1Center for Agricultural Genetic Resources Research, Shanxi Agricultural University, Key Laboratory of Crop Gene Resources and Germplasm Enhancement on Loess Plateau, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Taiyuan, 030031, China. wanghg@sxau.edu.cn.
研究人员生成了第一个完整的端粒到端粒 (T2T) 参考基因组,用于扫小米 (Panicum miliaceum L.). 这种高质量的基因组组合为了解和改进这种古老,有弹性的谷物作物提供了至关重要的资源.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 农作物科学 农作物科学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 米 (Panicum miliaceum L.) 是一种古老的作物,因其抗旱和适应能力而受到重视.
- 它的C4光合作用途径有助于提高效率.
- 缺乏完整的基因组序列,无法进行详细的遗传研究.
研究的目的:
- 为了产生一个无间隙的端粒到端粒 (T2T) 参考基因组为扫米 (AJ8).
- 为遗传研究和作物改进提供高质量的基因组资源.
主要方法:
- 使用PacBio HiFi长读数和牛津纳米孔测序.
- 采用高通量染色体形状捕获 (Hi-C) 用于脚手架.
- 将基因组组装到染色体级分辨率.
主要成果:
- 在18个伪染色体中,AJ8基因组组装到834.7 Mb.
- 成功确定了18个中间体和36个端粒.
- 实现了高完整性 (99.6% BUSCO),发现了63,678个蛋白质编码基因和52.0%的重复序列.
结论:
- 扫小米的T2T空白参考基因组现在已经可用了.
- 这一资源将促进对这一重要的谷物作物的遗传研究和育种计划.
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