基于下一代测序的乳腺癌多基因风险评分位点基因定型的局限性
Alexandra Baumann1,2,3,4,5,6, Christian Ruckert7, Christoph Meier8
1Institute for Clinical Genetics, University Hospital Carl Gustav Carus at TUD Dresden University of Technology and Faculty of Medicine of TUD Dresden University of Technology, Dresden, Germany.
遗传性乳腺癌的多基因风险评分 (PRS) 需要准确的等位基因频率才能可靠地预测风险. 这项研究发现了使用下一代测序 (NGS) 的PRS位点频率的显著偏差,影响了风险评估,并强调了需要进行质量控制.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 遗传学和基因组学
- 癌症研究 癌症研究
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 多基因风险评分 (PRS) 越来越多地用于遗传性乳腺癌 (BC) 遗传检测.
- 准确的变异型等位基因频率 (AFs) 对PRS计算在BOADICEA等风险预测算法中至关重要.
- 下一代测序 (NGS) 是常规诊断中主要的基因型识别方法.
研究的目的:
- 通过使用NGS,评估已建立的BC PRS (BCAC 313, BRIDGES 306) 的等位基因频率 (AF) 的可重复性.
- 在人口数据库 (gnomAD) 和现实世界的临床数据 (GC-HBOC) 中识别AF的偏差.
- 评估这些偏差对个人BC风险预测的影响.
主要方法:
- 检查了BCAC 313和BRIDGES 306 PRS的324个位点.
- 与gnomAD v3.1.2 (非芬兰欧洲人) 相比的等位基因频率 (AF).
- 从德国遗传性乳腺和卵巢癌联盟 (GC-HBOC) 的五个中心的现实世界NGS数据中分析了AF.
主要成果:
- 在gnomAD中,四个PRS位点缺失;24个位点显示出显著的AF偏差.
- 现实世界的数据显示1123位点与偏离的AFs,影响最终的风险预测.
- 观察到的偏差根据测序方法,变量调用者和调用模式而有所不同.
结论:
- 观察到的等位基因频率 (AF) 的质量保证对于在常规基因测试中实施PRS至关重要.
- 未来的PRS开发应该优先考虑预期AF在NGS等常用基因型化方法中的技术可重复性.
- 在AFs的偏差需要仔细验证,以确保准确的遗传性乳腺癌风险预测.
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