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Updated: Jun 23, 2025
11:11
Detection of Rare Mutations in CtDNA Using Next Generation Sequencing
Published on: August 24, 2017
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通过表观cfDNA剖析检测先进EGFR突变肺腺癌患者的小细胞转化
Talal El Zarif1,2,3, Catherine B Meador4,5, Xintao Qiu3
1Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, Massachusetts.
概括
无细胞DNA (cfDNA) 的非侵入性表观基因组分析可以检测EGFR突变肺腺癌中的小细胞转化. 这种方法为诊断肺癌患者的治疗耐药性提供了一种新方法.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 组织学转化为小细胞肺癌 (SCLC) 是治疗耐药性的关键机制在先进的癌基因驱动肺腺癌 (LUAD).
- 目前的诊断需要侵入性组织学检查,这对患有晚期疾病的患者构成挑战.
研究的目的:
- 开发一种基于无细胞DNA (cfDNA) 的非侵入性表观基因学方法,用于检测EGFR突变 (EGFRm) 患者的小细胞转变.
- 描述转化SCLC (tSCLC) 和LUAD之间的表观基因组格局差异.
主要方法:
- 在26个肺癌患者衍生异种移植 (PDX) 上进行了表观基因组分析 (H3K27ac,H3K4me3,H3K27me3 ChIP-seq,MeDIP-seq,ATAC-seq,RNA-seq).
- 分析了来自EGFRm LUAD患有或没有tSCLC的患者血中的cfDNA表观基因组数据 (H3K27ac ChIP-seq,MeDIP-seq,全基因组测序).
主要成果:
- 在PDXs中发现了LUAD和tSCLC之间广泛的表观基因组重编程,在H3K27ac,DNA甲基化和染色质可访问性方面存在显著差异.
- 基于瘤的cfDNA分析准确地区分了EGFRm LUAD和tSCLC (AUROC 0.82-0.87).
- 综合这些特征的多分析cfDNA分类器实现了AUROC 0.94的歧视.
结论:
- 通过使用cfDNA表观基因分析,证明了在EGFRm LUAD中非侵入性检测小细胞转换的可行性.
- 这种方法只需要1毫升的患者血,提供了最少侵入性的诊断工具.
