ENCODE小鼠产后发育时间课程确定了细胞类型和细胞状态的调控程序

科学领域:

• 基因组学和发育生物学
• 对基因调节的单细胞分析.

背景情况:

• 产后基因组调节对于组织成熟至关重要,但与成人或产前阶段相比,仍未得到充分探索.
• 现有的基因组资源往往专注于成年组织或产前发育,在产后理解中留下了一个空白.

研究的目的:

• 在各种小鼠组织中创建第一个全面的产后调节事件单核资源.
• 在产后发育过程中识别和表征细胞类型,亚型和细胞状态.
• 发现驱动多种组织细胞分化和专业化的调控程序.

主要方法:

• 产生了一个单核资源,涵盖了七个产后时间点和五个核心小鼠组织.
• 通过单核RNA测序确定了30种细胞类型 (69种亚型/状态).
• 采用隐性迪里克莱特分配与精心策划的基因词汇,以识别与细胞状态相关的监管"主题".

主要成果:

• 描述了69种细胞类型和状态,包括新的性别特异性上腺群体和早期神经发生.
• 确定了在转录因子,microRNA宿主基因和染色体调节剂中丰富的反复和细胞类型特定的调节主题.
• 使用染色体可访问性数据发现了动态性和性别特异性的调控元素和转录因子动机.

结论:

• 这项研究为小鼠的产后基因调节提供了基础资源,反映了人类的发展.
• 确定了管理产后发育和细胞专业化的保存和组织特异性监管程序.
• 强调监管因素在推动出生后成熟期间的动态转录变化的重要性.