一个优化和强大的工作流程,通过LC-MS/MS来量化正规的基因素普遍化标记H2AK119ub和H2BK120ub
Mariana Lopes1, Peder J Lund1, Benjamin A Garcia1,2
1Penn Epigenetics Institute, Dept. of Biochemistry and Biophysics, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA 19104.
bioRxiv : the preprint server for biology
|June 25, 2024
概括
研究人员开发了一种新的质谱工作流程,以检测和量化基因素泛化标记,H2AK119ub和H2BK120ub,改进了超越N端尾部的表观遗传分析.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 细胞基因组组织依赖于基因组蛋白和它们的翻译后修饰来进行表观遗传调节.
- 基因组基因组的修改控制了DNA的可访问性和蛋白质复合体的招募,形成了"基因组基因组代码".
- 质谱测量对于破译基质子代码至关重要,但C端基因标记缺乏可靠的方法.
研究的目的:
- 开发一种简单而强大的工作流程,用于检测和量化基因素无处不在的标记,特别是H2AK119ub和H2BK120ub.
- 扩展基于质谱的组 histone 修饰分析到 C 终端区域.
主要方法:
- 基因组的酸性提取,然后进行完全的三性消化.
- 使用酸 (重型或轻型标签) 进行衍生,用于相对量化.
- 基于并行反应监测 (PRM) 的纳米LC-MS/MS分析.
主要成果:
- 建立了一个验证的工作流程,用于检测和改进H2AK119ub和H2BK120ub的量化.
- 该方法使用合成和已知的这些标记的调节器证明了可靠的量化.
- 工作流成功地将基因组修饰分析扩展到C端区域.
结论:
- 开发的方法为分析规范性基因素无化标记提供了显著的改进,特别是在C端区域.
- 这种工作流程补充了现有的方法,专注于N-终端质子尾巴.
- 这种新方法增强了通过基因组修饰对表观遗传调节的全面理解.
