人体胎盘体外模型的转录学比较
Samantha Lapehn1, Sidharth Nair1, Evan J Firsick1
1Center for Developmental Biology and Regenerative Medicine, Seattle Children!s Research Institute, Seattle, WA 98101 United States.
bioRxiv : the preprint server for biology
|June 25, 2024
概括
在体外模型中选择人类胎盘是具有挑战性的. 这项研究将六种模型与胎盘组织进行了比较,发现了显著的基因表达差异,并创建了一个图书馆,以帮助研究人员选择合适的模型.
科学领域:
- 生殖生物学和胎盘研究.
背景情况:
- 在体外模型对于研究人类胎盘至关重要,因为组织的访问限制和物种间的差异.
- 选择合适的体外模型是很困难的,因为多种多样的细胞类型和缺乏全面的比较研究.
研究的目的:
- 对常见的体外人类胎盘模型进行全面的转录基因比较,与大量的胎盘组织和特定的热囊细胞类型进行比较.
- 为研究人员提供数据,以促进体外胎盘模型的知情选择.
主要方法:
- 来自六种体外胎盘模型 (HTR-8/SVneo,BeWo,JEG-3,JAR,初级热原体,状扩散体) 的RNA测序数据的差异基因表达分析.
- 在体外模型与来自CANDLE和GAPPS队伍的大量胎盘组织以及分离的细胞,合成和异常细胞类型的细胞类型进行比较.
- 阶层分类以确定基因表达模式和KEGG通路,胎盘基因和ADME基因的丰富分析.
- 根据Y染色体基因表达的基因性别对体外模型进行分类.
主要成果:
- 所有体外试验的胎盘模型都显示出与大量人类胎盘组织 (平均10873 DEG) 和特定的热囊细胞类型 (平均5346 DEG) 相比,基因表达的实质性差异.
- 层次聚类揭示了53个不同的基因表达群,对KEGG通路,胎盘功能基因和ADME基因的显著丰富.
- 胎儿的性别分类确定HTR-8/SVneo细胞为女性起源的,JEG-3,JAR和BeWo细胞为男性起源的.
- 评估的体外模型中没有一个接近大量人类胎盘组织的转录组.
结论:
- 现有的体外人类胎盘模型显示,与本地组织的转录组分歧很大,这对准确的生理表征构成了挑战.
- 一个新的网络应用程序,比较转录的胎盘模型图集 (CTPMA),已经开发,以帮助研究人员选择最合适的体外模型,基于转录的数据,基因表达模式,和胎儿的性别.
- 该CTPMA旨在通过启用知情的模型选择来提高体外胎盘研究的可靠性和可翻译性.
