一个全长转录组的SMRT测序揭示了Vitis amurensis根的冷诱导替代拼接
Yujun Hou1, Qingyun Li1, Huimin Zhou1
1State Key Laboratory of Plant Diversity and Specialty Crops, Wuhan Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Wuhan, 430074, China; University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, 100049, China.
在阿穆尔葡萄根中的替代拼接产生了新的异型,并增强了耐寒性. 这项研究确定了包括VaMYB108在内的关键基因,这些基因参与了低温反应,改善了我们对应激适应的理解.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 基因组学和转录基因组学
- 压力生理学 压力生理学
背景情况:
- 替代拼接 (AS) 可以使基因产品多样化,这对于植物应激反应至关重要.
- 维蒂斯·阿穆伦斯 (Vitis amurensis) 是一种耐寒葡萄,但其在低温下的AS机制尚未得到充分研究.
研究的目的:
- 在寒冷压力下研究V. amurensis根的替代拼接事件.
- 为了识别参与低温适应的基因和异型.
- 探索VaMYB108基因在寒冷应激反应中的功能.
主要方法:
- 转录组和RNA测序V. amurensis根在0,2和24小时后的冷压力.
- 生物信息分析以确定全长非合体 (FLNC) 读数,位点,异形和替代拼接事件.
- 基因表达分析和VaMYB108转录的功能特征.
主要成果:
- 确定了16,181个位点和30,733个异型,包括新的异型和基因,以及8797个AS事件.
- 发现189个基因参与低温反应,其中12个转录因子表现出AS.
- VaMYB108有两个转录 (VaMYB108^short和VaMYB108^normal),它们增强了抗冷却性,并调节了彼此的表达.
结论:
- 这项研究提供了在寒冷压力下V. amurensis中AS事件的全面目录.
- 通过其替代转录,VaMYB108在阿穆尔葡萄的耐寒性中发挥着重要作用.
- 这些发现增强了基因组注释,并提供了关于植物中AS介导的寒冷应激适应的见解.
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