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Updated: Jun 23, 2025
14:18
A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics
Published on: May 27, 2014
20.9K
使用临床代谢学LC-MS研究来确定生物样本的完整性,以在长期储存在-80°C后进行统计建模:TOFI_Asia子研究
Aidan Joblin-Mills1,2, Zhanxuan E Wu1,2,3, Ivana R Sequeira-Bisson2,4
1Food Chemistry & Structure Team, AgResearch, Palmerston North 4410, New Zealand.
Metabolites
|June 26, 2024
概括
长期储存在-80°C下会影响代谢风险的多变量模型. 脂质模型保持完整性,但极性代谢物模型在5年后显示预测能力降低,这表明储存时间对代谢学研究至关重要.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物化学 生物化学
- 数据科学数据科学数据科学
背景情况:
- 生物样本,包括脂质和代谢物,即使在超低温储存 (-80°C) 中,也会随着时间的推移而降解.
- 之前的代谢学研究 (TOFI_Asia) 建立了多变量模型,将代谢特征与种族多样性和健康风险联系起来.
- 长期样本降解对这些预测多变量模型完整性的影响尚未完全理解.
研究的目的:
- 评估长时间 -80°C存储对用于种族歧视的多变量模型性能的影响.
- 为了比较从脂质和极性代谢产生的模型上的降解影响.
- 确定样本储存时间是否影响预测代谢学模型的可靠性.
主要方法:
- 从TOFI_Asia研究中重新分析老年 (≥5年) 血样本,使用非向的LC-MS代谢量.
- 应用部分最小平方差异分析 (PLS-DA) 来区分欧洲高加索和亚洲华裔参与者.
- 使用接收机操作员特征曲线,稀疏的PLS-DA混矩阵和预测错误率评估模型完整性.
主要成果:
- 脂质和极性代谢物数据在初始和老化样本中显示出强烈的种族歧视.
- 与初始模型相比,老化的极性代谢物模型的完整性显著下降.
- 基于脂质的种族模型在老年样本中保持了预测完整性,而极性代谢物模型显示性能下降.
结论:
- 虽然脂质更坚固,但基于极性代谢物的多变量模型的预测完整性受到长期 -80 °C储存的损害.
- 使用多变量建模的研究人员应考虑样本存储时间,特别是在分析极性代谢物时.
- 基于脂质的模型似乎比极性代谢物模型更适应延长冷保存的降解.
