ConfluentFUCCI用于在高度密集的迁移细胞集体中完全自动分析细胞周期进展
Leo Goldstien1, Yael Lavi1, Lior Atia1
1Department of Mechanical Engineering, Ben-Gurion University of the Negev, Beer-Sheva, Israel.
PloS one
|June 26, 2024
概括
在密集的迁移细胞集体中,ConfluentFUCCI自动化了细胞周期分析. 这种开源工具增强了对复杂生物系统中细胞周期进展和形态学的理解.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物物理学的生物物理.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 分析密集的移动细胞群对于理解生理和病理过程至关重要.
- 研究生物物理因素与多细胞系统中的细胞循环进展之间的相互作用越来越感兴趣.
- 基于光无处不在的细胞周期指标 (FUCCI) 已经推进了实时细胞周期研究.
研究的目的:
- 引入ConfluentFUCCI,一个开源的GUI框架,用于完全自动分析密集的迁移细胞集体中的细胞周期进展,动态和形态.
- 提供一个准确和有效的工具,以在组织和单细胞水平上全面研究细胞循环.
- 为了让人们了解密集的上皮细胞中细胞周期进展的机械传导调节.
主要方法:
- 集成最先进的工具,包括Cellpose,TrackMate和Napari,结合深度学习.
- 在容器化环境中封装工作流程,以便独立于操作系统的安装和使用.
- 使用FUCCI标签进行精确的核细分和跟踪.
主要成果:
- ConfluentFUCCI在处理大型数据集方面表现出精确性和效率,性能优于最近的相关工具.
- 该框架可以精确监测细胞周期过渡,动力学和密集上皮细胞群体的形态学.
- 在复杂的生物系统中研究细胞循环相关现象的成功应用.
结论:
- ConfluentFUCCI提供了一种强大的自动化解决方案,用于分析密集的迁移细胞集体中的细胞周期.
- 该工具有助于更深入地了解受生物物理和机械传导因素影响的细胞循环调节.
- 在癌症研究和其他需要详细细胞循环分析的领域的潜在应用.
