调查SARS-CoV-2病毒与宿主相互作用和mRNA表达:使用三种D. melanogaster模型的洞察力
Tâmie Duarte1, Folorunsho Bright Omage2, Guilherme Schmitt Rieder3
1Laboratory of Experimental Biochemistry and Toxicology, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Center of Natural and Exact Sciences, Federal University of Santa Maria, 1000 Roraima Avenue, Santa Maria, RS 97105-900, Brazil; Department of Biochemistry and Molecular Biology, Federal University of Santa Maria, 1000 Roraima Avenue, Santa Maria, RS 97105-900, Brazil.
概括
计算分析揭示了SARS-CoV-2蛋白质及其人类和果 ортолог之间的潜在相互作用. 果基因表达因饮食,性别和年龄而异,这表明病毒对宿主的敏感性不同.
科学领域:
- 计算生物学和病毒学.
- 宿主-病原体相互作用
- 基因组学和转录基因组学
背景情况:
- SARS-CoV-2 变种带来了持续的公共卫生挑战,需要研究宿主-病原体相互作用.
- 了解SARS-CoV-2/人类相互作用对开发有效的药理学策略至关重要.
- 果 (Drosophila melanogaster) 是一个有价值的模型生物体,因为它与人类具有很高的蛋白质同质性,特别是在代谢途径中.
研究的目的:
- 通过计算来评估人类关键蛋白质,它们的果ortologs和SARS-CoV-2蛋白质之间的潜在相互作用.
- 为了比较人类和果蛋白质复合体之间的结合点.
- 在不同条件下 (饮食,性别,年龄) 分析编码这些蛋白质的果基因的mRNA表达.
主要方法:
- 使用计算方法分析蛋白质与蛋白质相互作用的分析.
- 人类和D. melanogaster蛋白质复合体之间的结合部位结构的比较.
- 对特定果基因的mRNA表达水平的定量分析.
主要成果:
- 所有测试的人类蛋白质和它们的果正义学家都显示出与SARS-CoV-2蛋白质的潜在相互作用.
- 果中的gl_nsp3复合体表现出显著的结构稳定性和一致性.
- 根据饮食,性别和年龄观察到五种果基因的mRNA表达差异,特定组显示出更高的正规化.
结论:
- 该研究确定了SARS-CoV-2相互作用的潜在蛋白质标,并验证了果作为研究这些相互作用的模型.
- 特定的果基因表达模式表明受宿主因素影响的对病毒感染的不同易感性.
- 这些发现有助于了解宿主防御机制,并可能指导未来对SARS-CoV-2的体内研究.
