在乳腺癌患者的古老血清样本中进行细胞外囊DNA提取和测序
Martin Heidinger1,2, Daniel Egle3, Salvatore Piscuoglio4,5
1Breast Center, University Hospital Basel, Basel, Switzerland.
Anticancer research
|June 26, 2024
概括
从老乳腺癌患者的血清样本中,可以成功地提取和测序细胞外囊DNA (EV-DNA) 和无细胞DNA (cfDNA). 这证明了在纵向研究中使用这些生物标志物进行回顾性分子分析的可行性.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 细胞外囊泡DNA (EV-DNA) 是基于液体活检的瘤突变检测的一个有前途的生物标志物.
- EV-DNA比无细胞DNA (cfDNA) 具有潜在的生物优势.
- 评估使用存档血清用于EV-DNA和cfDNA分析的可行性对于回顾性研究至关重要.
研究的目的:
- 评估从乳腺癌患者的旧血清样本中提取和测序EV-DNA和cfDNA的可行性.
- 为了比较EV-DNA和cfDNA在存档样本中检测瘤突变的性能.
主要方法:
- 从27名乳腺癌患者 (1983-1991) 收集了28个血清样本.
- 使用Exo-GAG套件提取了EV-DNA,使用QIAsymphony DSP病毒/病原体Midi套件提取了cfDNA.
- 在使用OncomineTM乳腺cfDNA研究试验v2.2对10个匹配样本进行了测序.
主要成果:
- 从100%的旧血清样本中成功提取了EV-DNA和cfDNA.
- 在EV-DNA和cfDNA之间可比的DNA数量和度.
- 在2/10匹配的样本中获得了等效测序结果;在剩余的样本中,在EV-DNA和cfDNA之间的PIK3CA和TP53突变检测中发现了差异.
结论:
- 在长期存档的乳腺癌患者血清样本中,EV-DNA提取和测序是可行的.
- 在纵向研究中,EV-DNA有可能回答临床相关的问题.
- 这种方法支持使用历史生物银行样本进行回顾性分子分析.
