西方蜜蜂中肠组织全长转录组的构建和改进的基因组注释

科学领域:

• * 基因组学 是一个学科.
• * 分子生物学 * 分子生物学
• * 昆虫学 昆虫学

背景情况:

• *蜜蜂 (Apis mellifera) 是重要的授粉者,具有重要的生态和经济影响.
• *以前缺乏使用先进测序技术的Apis mellifera的全面,全长的转录组.
• *了解蜜蜂的分子机制对于应对诸如Nosema ceranae感染等挑战至关重要.

研究的目的:

• *使用第三代纳米孔序列测序构建和注释Apis mellifera的第一个全长转录组.
• * 改进现有的Apis mellifera参考基因组注释.
• * 识别蜜蜂中肠组织中的新基因,转录和调节元件.

主要方法:

• * 纳米孔测序Apis mellifera中肠组织从未注射和Nosema ceranae注射的工人.
• * 高质量的长读数据处理用于转录组装和注释.
• *生物信息分析包括基因预测,UTR扩展和SSRs,lncRNAs和TFs的识别.
• *通过RT-PCR和桑格测序验证新的转录表达和序列.

主要成果:

• *生成数以百万计的清洁读取和检测超过28000个非冗余的全长副本.
• *识别了501个新型基因 (20,326个新型转录) 并对公共数据库进行了重要注释.
• * 对众多基因进行5'和3'UTR扩展,发现了1224个lncRNA和650个TF.
• *对Apis mellifera参考基因组的精细注释.

结论:

• *这项研究提供了第一个高质量,全长的Apis mellifera转录组,显著增强了参考基因组注释.
• *发现新的基因和转录为蜜蜂生物学和对病原体的反应提供了新的见解.
• * 这一资源对于未来的分子,基因组和奥米克研究在Apis mellifera是无价的.