确定稳定的参考基因,以相对量化尿液细胞外囊泡中的长RNA表达

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 尿液细胞外囊泡 (uEVs) 含有有价值的生物分子,包括长RNA,为细胞状态提供了洞察力.
• 准确量化UEV长RNA对于生物标志物开发至关重要,但缺乏标准化的参考基因.
• 现有的参考基因可能不适合uEVs的独特环境.

研究的目的:

• 识别和验证稳定的参考基因,用于尿道细胞外囊泡 (uEVs) 中长RNA量化.
• 提高针对各种疾病的基于UEV的生物标志物研究的准确性和可比性.

主要方法:

• 在UEV上进行RNA测序 (RNA-seq),以描述长RNA表达.
• 使用无监督分析和四种算法 (NormFinder,GeNorm,BestKeeper,Delta Ct) 来识别候选参考基因.
• 用RT-qPCR在糖尿病患者,糖尿病病,IgA病和前列腺癌患者的样本中验证了候选基因.

主要成果:

• uEVs表现出丰富的长RNA含量,与核转录组有关于核糖体.
• 确定了十个候选参考基因,包括RPL18A,RPL11,RPL27,RACK1,RPSA,RPL41,H1-2,RPL4,GAPDH和RPS27A.
• 验证了RPL41,RPSA和RPL18A作为可靠的参考基因,用于在多种疾病队列 (DM,DN,Igan,PCA) 中对UEV长RNA量化.
• RPL41还在其他疾病的脏组织和血EV中表现出卓越的性能.

结论:

• 建议将RPL41,RPSA和RPL18A作为稳定的参考基因用于uEVs中的长RNA量化.
• 这些验证的参考基因将提高基于UEV的诊断和预后生物标志物研究的可靠性和可重复性.
• 这些发现支持UEVs作为各种疾病的非侵入性生物标志物来源的发展.