在sRNA测序数据集中的适配器二元污染预测了测序失败和批量效应,并阻碍了细胞外囊泡-sRNA分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 使用下一代测序 (NGS) 对细胞外囊泡 (EV) 的小RNA (sRNA) 分析经常产生低于最佳的结果,阻碍了研究的可重复性.
• 无论采用哪种试剂,平台或生物信息管道,现有的挑战仍然存在.

研究的目的:

• 为了确定EVs的sRNA测序中的显著读取损失的根本原因.
• 评估测序前/后的质量控制 (QC),以预测和减轻生物sRNA测序结果中的问题.

主要方法:

• 从人乳EV,EV丰富血 (人类和小鼠) 和人类嵌组织中分析sRNA测序数据.
• 检查处理前的读取损失,分离的RNA数量,测序的基质和cDNA电光仪.
• 使用质量控制 (QC) 管道来监测参数并识别批量效应的来源.

主要成果:

• 与读取损失和适配器二次数百分比相关的cDNA电光学图的一致峰值.
• 适配器二极管污染被确定为导致显著读取损失和批量效应的主要因素.
• 读取损失与孤立的RNA数量或测序基质的质量没有相关性.

结论:

• 适配器二元污染是EVsRNA测序中糟糕的结果和批量效应的主要原因.
• 实施质量控制措施以避免适配器二元污染对于改善测序成功和可重复性至关重要.
• 总结了成功缓解适配器二元污染的同行评审工作流程,以指导未来的研究.