在基于生物信息学和机器学习的基础上,识别人类中风中的内等质网膜应激基因

科学领域:

• 神经科学是一个神经科学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 缺血性中风 (IS) 后的二次损伤涉及内细胞网膜 (ER) 应力和身体-大脑交叉声.
• 人类IS中系统性免疫障碍介导的ER压力的精确机制尚未完全理解.

研究的目的:

• 为了确定关键的ER与压力相关的基因 (ERSRGs),参与IS之后的系统性免疫反应.
• 在IS患者和小鼠模型中探索ERSRG,ER压力和免疫细胞透之间的关系.

主要方法:

• 通过重叠MSigDB ER压力路径基因和差异表达基因 (DEGs) 确定了32个候选ERSRG.
• 使用LASSO,随机森林和SVM-RFE精确确定三个关键的ERSRG:ATF6,DDIT3和ERP29.
• 采用共识聚类,基因组变异分析 (GSVA) 和免疫细胞透解卷分析.
• 使用中脑动脉封闭 (MCAO) 鼠标scRNA分析和RT-qPCR实验验验证的结果.

主要成果:

• 确定了三个关键的ERSRG (ATF6,DDIT3,ERP29),其中包括:
• 根据ERSRG的个人资料,IS患者被分为两组.
• 这三个关键ERSRG的表达与IS中的外周巨细胞ER压力有显著的相关性.
• 这种关联通过实验验证进一步得到证实.

结论:

• 已识别的关键ERSRG与缺血性中风中的外周巨ER压力密切相关.
• 这些基因可能在身体-大脑交叉通话和IS的系统性免疫反应中发挥关键作用.
• 这些发现表明,在IS治疗中调节ER压力的潜在临床应用.