实时定量PCR试验的开发和评估,用于检测Phellinus noxius,导致棕色根腐烂病
Tse-Yen Liu1,2, Chao-Han Chen2, Yi-Chun Ko1
1Department of Plant Pathology and Microbiology, National Taiwan University, Taipei 106319, Taiwan.
Plant disease
|June 30, 2024
概括
新的qPCR试验能够灵敏地检测由Phellinus noxius引起的棕色根腐烂病 (BRRD). 这些方法改善了早期诊断和监测这种破坏性树木疾病.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
背景情况:
- 棕色根腐烂病 (BRRD) 对树木构成重大威胁,由于晚出现的症状,早期检测受到阻碍.
- 目前针对ITS地区的Phellinus noxius的分子检测方法缺乏针对多样化的全球分离物和其他真菌物种的验证,这可能导致不准确.
研究的目的:
- 开发和验证SYBR绿色实时定量PCR (qPCR) 试验,用于敏感和特定检测Phellinus noxius.
- 确定新的遗传点,以改善在ITS区域之外的Phellinus noxius检测.
主要方法:
- 使用比较基因组学来识别Phellinus noxius - - 属于核酸结合-寡合化-域类受体 (NLR) 超级家族的独特同源基因.
- 设计和优化了针对ITS和NLR基因的两种新的原始配对 (Pn_ITS_F/Pn_ITS_R和Pn_NLR_F/Pn_NLR_R).
- 测试对61种Phellinus noxius分离物,5种其他Phellinus物种和22种非Phellinus木质腐烂真菌进行了特异性测试,并对接种的苗木,自然感染的树木和土壤样本进行了验证.
主要成果:
- 所有经过测试的原始组对都表现出高灵敏度,检测到P. noxius基因组DNA的仅为100 fg.
- Pn_NLR_F/Pn_NLR_R试验表现出最高的效率,而G1F/G1R初始试验对显示出最高的特异性.
- 为了防止错误阳性,为每个初始对建立了优化的切断量化周期值,以防止错误阳性.
结论:
- 新开发的qPCR测定,特别是针对NLR基因的测定,提供了对Phellinus noxius的敏感和特定检测和量化.
- 这些测试是早期诊断,准确监测和在各种植物组织和土壤环境中有效管理棕色根腐烂病的宝贵工具.
