使用基于条形码的CRISPRi系统精确测量分子表型

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 是一个遗传学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 全基因组的CRISPR-Cas9屏幕是理解生物过程的强大工具.
• 有效的选需要精确地询问分子表型和对关键监管者的歧视.
• 技术因素可以扭曲基因选中的表型测量.

研究的目的:

• 开发一个可通用的平台,CRISPR干扰条码表达式记者测序 (CiBER-seq),以提高全基因组屏幕的灵敏度和范围.
• 系统地解决影响CRISPR屏幕中的表型测量技术因素.
• 评估平台在捕获转录后和翻译后调节方面的能力.

主要方法:

• 开发了CiBER-seq,一个使用条码表达式报告器的CRISPR干扰选平台.
• 集成的规范表达式记者与密切匹配的控制促进器在一个单一的副本.
• 选了影响无意义介导的mRNA衰变和Doa10介导的细胞质蛋白衰变的基因.

主要成果:

• CiBER-seq显著提高了全基因组选的灵敏度和范围.
• 对控制促进者的规范化有效地减轻了表型测量中的技术扭曲.
• 优化的CiBER-seq屏幕准确地识别了已知的RNA和蛋白质质量控制途径的已知组件.

结论:

• CiBER-seq为剖析遗传网络提供了一个精确而通用的平台.
• 该平台在捕捉转录后和翻译后的监管元素方面表现出高度准确性.
• CiBER-seq推进了对细胞行为和生物过程的遗传基础的研究.