使用单细胞表观遗传和转录组概况来定义乳腺癌的调控逻辑

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 癌症生物学 癌症生物学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 了解 cis 调节元件是解读癌症转录失调的关键.
• 染色质可访问性和转录组的单细胞分辨率对于详细的瘤生物学见解至关重要.

研究的目的:

• 创建来自人类乳腺瘤和健康组织的匹配单细胞染色体可访问性 (scATAC-seq) 和转录组 (scRNA-seq) 资料的汇编.
• 为了确定光线和基底乳腺瘤的细胞起源.
• 开发一种新的方法来量化调控元素与恶性细胞与正常细胞中的基因表达之间的关联.

主要方法:

• 在新鲜的人类乳腺瘤和健康乳腺组织上进行单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq).
• 应用线性混合效应模型,将染色质可访问性与基因表达性联系起来.
• 为乳腺癌细胞系生成匹配的scATAC-seq和scRNA-seq配置文件.

主要成果:

• 对光线和基底乳腺瘤的细胞起源的识别.
• 发现调节元件,从正常细胞的基因沉默转向癌细胞的基因增强.
• 由于调节要素的改变,临床相关的瘤基因的升级.
• 在乳腺癌亚型中体外和体内展示保存的致癌基因表达程序.

结论:

• 非编码的监管机制在致癌过程中发挥着重要作用.
• 单细胞多组学有效地定义了在单细胞分辨率下乳腺癌细胞的调控逻辑.
• 这一数据集为了解乳腺癌生物学和开发向治疗提供了宝贵的资源.