综合生物信息学分析和机器学习的TTK作为一个跨肝动脉化学栓塞阻力目标在肝细胞癌

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 跨肝动脉化学栓塞 (TACE) 是中期肝细胞癌 (HCC) 的标准治疗方法.
• 有相当数量的HCC患者对TACE没有反应或反应不佳.
• 识别分子点对于提高TACE疗效至关重要.

研究的目的:

• 在TACE响应者与非响应者中识别差异表达基因 (DEG) 和关键分子标.
• 调查确定目标在HCC进展和TACE反应中的作用.
• 评估潜在治疗点的临床意义和预后价值.

主要方法:

• 利用基因表达数据 (GSE104580) 来识别TACE响应者和非响应者之间的DEG.
• 进行了蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI) 分析,并利用LASSO回归来识别枢纽基因.
• 使用癌症基因图谱 (TCGA),CCLE和HPA数据库验证了枢纽基因表达和临床意义.
• 进行基因组丰富分析 (GSEA) 和免疫细胞透分析.

主要成果:

• 通过多种查方法确定了375个DEG,其中TTK (双特异性蛋白激酶) 被确定为关键的枢纽基因.
• 在TCGA,CCLE和HPA数据集中确认了HCC组织中TTK表达的升高.
• GSEA建议细胞周期,核受体通路 (FXR,PPAR),FOXM1,E2F和铁死在TACE无反应中的参与.
• 发现TTK表达和Th2细胞透之间存在显著的相关性.
• 卡普兰-梅尔和考克斯回归分析表明,高TTK表达与HCC患者的预后更差有关.

结论:

• TTK是预测TACE反应和HCC的预后的潜在生物标志物.
• 向TTK可能提供一种新的治疗策略,用于改善非响应性HCC患者的TACE疗效.
• 进一步研究TTK在瘤微环境和细胞增殖途径中的作用是有必要的.