DODGE:使用累积长期基因组监测的自动点源细菌爆发检测

科学领域:

• 基因组流行病学基因组流行病学
• 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
• 食物传播疾病爆发的检测和检测.

背景情况:

• 准确及时识别食物传播疾病的爆发对于公共卫生监测至关重要.
• 全基因组测序 (WGS) 为细菌病原体提供了高分辨率的类型,有助于发现疫情爆发.
• 目前的方法缺乏动态工具来选择和调整用于WGS数据分析的遗传值.

研究的目的:

• 引入DODGE (基因组流行病学动态爆发检测),一种用于动态选择和比较WGS数据中的遗传值的算法.
• 通过使用已建立的基因组命名法来命名预测的疫情集群,使跨司法管辖区的综合分析成为可能.
• 评估DODGE在分析随着时间的推移扩展数据集方面的表现.

主要方法:

• 开发用于动态值选择和比较的DODGE算法.
• 将DODGE应用于两个真实世界的沙门氏菌WGS监测数据集 (澳大利亚:2个月;英国:9年).
• 评估DODGE检测已知的疫情和评估调查集群的能力.

主要成果:

• DODGE成功分析了不断扩大的WGS数据集,并确定了调查集群.
• 两起已知的英国疫情被DODGE检测到早于其官方报告时间.
• 在两个数据集中,少数孤立物被确定为调查集群.

结论:

• DODGE显示了提高食品传播疾病基因组监测有效性和及时性的潜力.
• 该算法通过启用基因组集群的标准化命名来促进综合分析.
• DODGE提供了一种动态的方法来管理疫情检测的遗传值.