研究古遗传体中与食品生产相关的DNA甲基化变化:除了技术噪音之外,缺乏一致的信号

科学领域:

• 古遗传学是古遗传学的一部分.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 人类进化人类进化

背景情况:

• 新石器时代的过渡标志着人类饮食和生活方式的重大转变.
• 这些变化对古代人群的潜在表观遗传影响在很大程度上尚未被探索.
• 从古代DNA中推断甲基化特征是具有挑战性的,因为信号与噪声的比率很低.

研究的目的:

• 使用古代DNA调查与新石器过渡相关的表观遗传变化.
• 为了确定生活方式和饮食变化是否在过去的人类群体中留下了可检测的分子水平表观遗传痕迹.

主要方法:

• 编译和分析了13个新石器时代前的狩猎采集者和21个新石器时代的农民的UDG处理的猎枪基因组.
• 采用了epiPALEOMIX和蒙特卡洛规范化方案来估计全基因组甲基化水平.
• 与非洲人群的现代表观遗传数据比较古甲基瘤数据.

主要成果:

• 古甲基组数据集显示出预期的全基因组甲基化模式,包括CpG岛屿低甲基化.
• 没有检测到与生存类型,遗传性别或组织相关的系统表观遗传信号.
• 根据原产地实验室,古甲基形状被强烈聚集在一起,表明技术变异性.

结论:

• 目前的古甲基组数据分辨率可能不足以检测来自古代DNA的微妙,环境相关的表观遗传信号.
• 未来的研究需要更大的数据集,最小化的技术噪音,以及潜在的替代协议来捕获此类信号.
• 新石器时代过渡对古代人类群体的表观遗传影响仍然是一个开放的问题,需要进一步调查.