在Mycobacterium tuberculosis的无培养全基因组测序中,使用联体介导珠子丰富方法进行了测序

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 结核菌 (Mtb) 的全基因组测序 (WGS) 对研究耐药性,混合感染和宿主内部多样性有价值.
• 来自临床样本的WGS是具有挑战性的,因为在高背景下,细菌负荷较低.

研究的目的:

• 评估一种联体介导的磁珠丰富方法,以从临床样本中改善Mtb的WGS.
• 评估无培养WGS的可行性,以检测Mtb和药物耐药性突变的涂抹负样本.

主要方法:

• 从活跃结核病患者中收集34个临床样本 (唾液,支气管洗,) 的前景采集.
• 在DNA提取之前,使用联体介导磁珠方法丰富Mtb.
• 在Illumina平台上进行全基因组测序.

主要成果:

• 在88.2%的样本中,WGS最终确定了Mtb,其中包括35.3%的涂抹阴性病例.
• 在涂抹和基因组覆盖面的细菌负荷之间观察到正相关性 (P < .001).
• 在14.7%的样本中检测到药物耐药性突变 (利番素,异亚,菌素,乙醇),包括Xpert MTB/RIF未涵盖的新型利番素耐药性突变.

结论:

• 基于磁珠的丰富促进了来自各种临床标本的Mtb的无培养WGS,甚至是涂抹负的样本.
• 这种方法可以与低成本测序相结合,用于快速检测Mtb和耐药性.
• 该方法提高了结核病的诊断能力,特别是用于识别耐药性模式.