酸丰富的兰化物金属有机框架使深度蛋白质组学能够使用超追踪生物样本
Shuang Zhang1,2, Behafarid Ghalandari1,2, Youming Chen1,2
1Department of Anesthesiology and Surgical Intensive Care Unit, Xinhua Hospital, School of Medicine and School of Biomedical Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, 200030, P. R. China.
Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
|July 3, 2024
概括
一个新的MOFs辅助样本准备 (MASP) 工作流可以在超追踪临床样本上实现深度蛋白质组学. 这种方法最大限度地减少了蛋白质损失,允许对珍贵标本进行全面的蛋白质组概况.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 分析化学 分析化学
- 材料科学 材料科学 材料科学
背景情况:
- 无标签蛋白质组学对于理解疾病机制和确定治疗点至关重要.
- 分析超追踪临床标本存在重大挑战,原因是传统预处理过程中样本损失.
- 深度蛋白质组分析需要敏感的方法来捕获低丰度蛋白质.
研究的目的:
- 开发一种高效的工作流程,用于对超追踪临床样本进行深度蛋白质组学分析.
- 为了克服传统蛋白质样本制备中固有的样本损失问题.
- 在珍贵的生物标本上实现可扩展和可复制的蛋白质组概况.
主要方法:
- 合成了四种酸丰富的化物金属有机框架 (MOFs) 的混合物,以获得高蛋白亲和力.
- 开发了一个MOFs辅助样本准备 (MASP) 工作流程,将多个步骤集成到单个PCR管中.
- 为了有效捕获蛋白质,MASP利用-酸盐复合,-π和离子相互作用.
主要成果:
- 在MASP中,仅从10个HEK-293T细胞中量化了大约1800种蛋白质.
- 从患者的1μL脑脊液 (CSF) 中确定了大约3700种蛋白质.
- 在50微克的小鼠大脑组织中检测到大约9600种蛋白质,证明了可扩展性.
结论:
- MASP显著减少样本损失,使有限的临床样本能够进行深度蛋白质组分析.
- 工作流是可扩展和可重复的,适用于含量低的蛋白质的珍贵样品.
- 这种方法提升了利用蛋白质组学发现疾病机制和识别治疗点的潜力.
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