支持PANAMA的高灵敏度双纳流LC-MS代谢和蛋白质分析
Weiwei Lin1, Fatemeh Mousavi2, Benjamin C Blum3
1Center for Network Systems Biology, Boston University, Boston, MA, USA; Department of Biochemistry, Boston University School of Medicine, Boston, MA, USA; Department of Pharmacology, Physiology & Biophysics, Boston University School of Medicine, Boston, MA, USA.
Cell reports methods
|July 3, 2024
概括
我们开发了一种新的方法,PANAMA,用于分析蛋白质和代谢物 (包括脂质) 一起使用高灵敏度纳米流液体色谱. 这种方法提高了数据质量,并简化了复杂的生物样本分析.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 代谢学 代谢学 代谢学
背景情况:
- 高灵敏度纳米流液体色谱 (nLC) 在非目标代谢学中未得到充分利用,原因是样品准备挑战降低了柱子性能.
- 现有的方法通常需要对蛋白质组学和代谢组学进行单独的分析,增加复杂性和资源需求.
研究的目的:
- 引入一个新的工作流程,PANAMA (蛋白质和纳米流代谢分析),用于集成蛋白质和代谢学.
- 克服目前基于nLC的非向代谢基因组的样品制备技术的局限性.
- 为了使单个样本中的代谢物和蛋白质能够在没有专门设备的情况下进行联合分析.
主要方法:
- 开发了一种强大的固体相微提取技术,用于样品清理和丰富.
- 将这种提取方法集成到nLC-tandem质谱工作流中.
- 将PANAMA方法应用于各种生物标本,包括生物流体,细胞系和组织.
主要成果:
- 在非目标代谢学中,PANAMA 提高了化合物分辨率和检测灵敏度.
- 工作流程实现了高质量,信息丰富的代谢物-蛋白质数据集.
- 在不影响覆盖深度的情况下,在各种样本类型中证明适用性.
结论:
- 巴拿马为同时进行蛋白质组和代谢组分析提供了一种简化方法.
- 该方法提高了分析性能,并简化了复杂的生物样本的工作流程.
- 这种技术绕过了对专门仪器的需求,使综合的欧米克分析更容易获得.
