在新生儿重症监护病房中,使用纳米孔序列测序快速识别和随后对甲素耐药黄金葡萄球菌的爆发进行上下文化

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染病流行病学 传染病流行病学

背景情况:

• 甲基西林耐药黄金葡萄球菌 (MRSA) 爆发是新生儿重症监护室 (NICU) 的一个重大问题.
• 传统的疫情调查通常依赖于回顾性分析和短读测序平台.
• 需要快速,前性的基因组监测系统,以便及时检测和控制MRSA疫情.

研究的目的:

• 建立和评估一个潜在的基因组监测系统,使用牛津纳米孔技术在NICU中快速检测MRSA爆发.
• 用实时纳米孔序列测序和植物遗传学分析来描述ST97MRSA疫情.
• 评估在基因组检测疫情爆发后实施的感染控制措施的有效性.

主要方法:

• 使用牛津纳米孔技术测序的潜在基因组监测系统的实施.
• 通过例行监测和病房查,快速识别MRSA疫情病例.
• 用纳米孔和Illumina平台对MRSA分离物的全基因组测序 (WGS) 进行基因组分析.
• 基因组分析与全球和国家ST97MRSA监测数据的比较.

主要成果:

• 潜在的基因组监测系统在第一个阳性培养13天后检测到ST97MRSA疫情,当时只有两个病例已知.
• 病房查发现了另外六名殖民婴儿,在实施感染控制措施后发生了最小的传播.
• 遗传学分析揭示了一组独特的NICU ST97-IVa分离物,并阐明了甲基西林耐药性的演变.
• 纳米孔测序为疫情调查提供了与Illumina测序快速和可比的基因学见解.

结论:

• 一个只有纳米孔的前性基因组监测系统是有效的快速识别和MRSA疫情在NICUs的背景.
• 实时基因组数据有助于迅速实施感染控制措施,最大限度地减少传播.
• 未来的基因组监测提高了我们了解病原体进化和疫情期间传播动态的能力.