组合的元基因组病毒检测和来自捐赠者细胞的无细胞DNA量化从脏移植接受者的血中
Rohita Sinha1, Zixuan Zhu1, Sookhyeon Park2
1Eurofins Viracor Clinical Diagnostics, Lenexa, Kansas.
Transplantation proceedings
|July 7, 2024
概括
无细胞DNA的全基因组测序使得病毒感染的早期检测和对移植受体中来自捐赠者的无细胞DNA的监测成为可能. 这种方法提供了敏感的,同时的病原体监测,改善了患者管理.
科学领域:
- 移植免疫学 移植免疫学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 接受移植的人需要免疫抑制,增加对病毒感染的易感性.
- 目前的病毒检测方法 (PCR/qPCR) 专注于单个病原体.
- 同时的病毒监测和来自捐赠者的无细胞DNA (dd-cfDNA) 量化可以提高患者管理.
研究的目的:
- 评估全基因组测序,同时检测病毒病原体和移植接受者的dd-cfDNA量化.
- 为了比较元基因组下一代测序 (mNGS) 的精度和灵敏度与传统的病毒检测qPCR方法.
主要方法:
- 整个基因组测序是在256名脏移植患者的1,980个血样本上进行的.
- 非人类序列被组装和注释,以识别病毒DNA病原体.
- 使用相同的测序数据进行dd-cfDNA的量化.
主要成果:
- 病毒检测 (病原体或Torque Teno Virus) 在73.4%的样本中发生.
- 在病毒检测方面,mNGS与qPCR (97.7%) 具有很高的一致性,具有很高的灵敏度 (94.1%) 和特异性 (98.2%).
- 测序检测到BK病毒,细胞大脑病毒和爱斯坦-巴尔病毒在临床诊断前60天.
结论:
- 全基因组测序可以从单一的工作流中同时进行dd-cfDNA量化和敏感的病毒检测.
- mNGS提供早期病毒感染监测,可能识别过度或不足的免疫抑制.
- 这种综合方法为移植接受者提供了更好的监测.
