用SPATAC-seqq在单细胞分辨率下绘制斑马鱼胚胎发生的染色质可访问性景观
Keyong Sun1,2, Xin Liu3,4, Runda Xu1,4
1School of Medicine, Tsinghua University, Beijing, China.
Nature cell biology
|July 8, 2024
概括
研究人员开发了SPATAC-seq以绘制斑马鱼发育过程中的染色质可访问性. 这揭示了细胞状态,调节元件和推动细胞分化的基因程序,为发育生物学提供了关键资源.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 了解胚胎发生过程中细胞命运的决定至关重要.
- 控制细胞身份和功能的动态调控元素仍然不太清楚.
- 斑马鱼胚胎生成为研究早期发育提供了一个强大的模型.
研究的目的:
- 为了全面地绘制斑马鱼胚胎发生过程中的染色质可访问性.
- 识别细胞状态,调节元件和参与发育的转录因子.
- 探索控制细胞分化的基因调控程序.
主要方法:
- 开发并应用了SPATAC-seq (使用测序对转化酶可访问的染色质的基于分池结合的测定).
- 在20个发育阶段的80多万个个体核中分析了染色质可访问性.
- 使用增强剂报告测试来验证候选 cis 调节元件 (cCREs).
主要成果:
- 鉴定了604种不同的细胞状态,并推断出它们的发育轨迹.
- 发现了959,040个候选 cis-regulatory 元素 (cCREs),包括发展特有的元素.
- 通过增强剂记者试验验验证了cCRE功能,显示细胞类型受限的表达.
- 发现了基因调节程序,驱动着色素和细胞分化.
结论:
- 在斑马鱼胚胎发生过程中,SPATAC-seq提供了前所未有的染色质可访问性的地图.
- 这种资源可以详细探索调控元素和转录因子,塑造细胞命运.
- 这些发现提供了对脊椎动物细胞分化背后的分子机制的见解.
