基于与MRCLinkdbdb相关的代谢物相关联体受体相互作用来预测细胞间通信
Yuncong Zhang1, Yu Yang2,3, Liping Ren3
1Guangdong Provincial Key Laboratory of Tumor Interventional Diagnosis and Treatment, Zhuhai Institute of Translational Medicine, Zhuhai People's Hospital (Zhuhai Clinical Medical College of Jinan University), Jinan University, Zhuhai, Guangdong, China.
这项研究引入了MRCLinkdb,这是一个新型的代谢物-配体-受体相互作用数据库,增强了我们对超出蛋白质相互作用的细胞通信的理解. 它为预测细胞间通信通路提供了宝贵的资源.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物化学 生物化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 细胞与细胞之间的沟通对于人类的生物功能至关重要.
- 现有的资源主要集中在蛋白质-蛋白质配体-受体相互作用上,忽视非蛋白质分子.
- 需要全面的数据库来解决细胞通信中的代谢物-配体-受体相互作用.
研究的目的:
- 引入基于代谢物受体的细胞链接数据库 (MRCLinkdb).
- 汇总和组织关于细胞间通信中的非蛋白质配体与受体相互作用的数据.
- 为预测基于代谢物相关相互作用的细胞间通信提供资源.
主要方法:
- 从文献和数据库中对代谢物-接体-受体 (ML-R) 相互作用进行手动选.
- 收集有关酶和与代谢产物相关的载体的数据.
- 开发用于存储和呈现ML-R交互数据的MRCLinkdb平台.
主要成果:
- 收集了790多个人类和670只小鼠ML-R相互作用.
- 汇编了超过1900个酶和260个输送器条目的数据.
- MRCLinkdb将ML-R相互作用与来自不同组织和细胞类型的单细胞和散装RNA测序的表达数据集成在一起.
- 有一个基于ML-R相互作用的网络服务器来分析基于ML-R相互作用的细胞间通信.
结论:
- MRCLinkdb补充了现有的联体受体数据库.
- 该数据库为解码细胞间通信提供了新的视角.
- 它推进了对与代谢物相关的细胞通信的预测工具.
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