空间细胞外蛋白质性瘤微环境区分肝细胞癌的分子亚型
Jade K Macdonald1, Harrison B Taylor1, Mengjun Wang1
1Department of Cell and Molecular Pharmacology, Medical University of South Carolina, Charleston, South Carolina 29425, United States.
Journal of proteome research
|July 9, 2024
概括
通过分析瘤微环境,可以预测肝细胞癌 (HCC) 的结果. 细胞外基质中的特定的原在空间上区分出差异和更好的结果的HCC亚型,有助于诊断.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 细胞外矩阵生物学 细胞外矩阵生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 肝细胞癌 (HCC) 因其异质性而导致死亡率上升,使诊断和治疗复杂化.
- 内原蛋白积累与HCC的不良结果有关,但对其调节的了解很少.
研究的目的:
- 为了研究HCC瘤的空间细胞外蛋白质组.
- 根据它们的细胞外微环境,区分HCC亚型与较差 (亚型1;S1) 和较好的 (亚型3;S3) 结果.
主要方法:
- 使用原向质谱成像 (MSI) 对甲固定,嵌的HCC组织.
- 从非目标和目标的LC-MS/MS构建的使用相同组织的参考库.
- 分析了原α-1(I) 链域和含有酸的酸 (HYP) 的空间分布.
主要成果:
- 观察到与细胞结合有关的原体域的明显空间分布.
- 从纤维状原体中含有HYP的酸分化了S1和S3 HCC瘤.
- 机器学习模型准确地区分S1和S3瘤 (AUC≥0.98,准确度>94%) 基于数据.
结论:
- HCC瘤的细胞外微环境含有临床结果的预测标记.
- 空间蛋白质组分析,特别是原蛋白,为改善HCC诊断和预后提供了潜力.


