在恶性黑色素瘤中新型液体活检CNV生物标志物
E Lukacova1, Z Hanzlikova2, P Podlesnyi3
1Department of Molecular Biology and Genomics, Comenius University in Bratislava, Jessenius Faculty of Medicine in Martin (JFM CU), Martin, Slovakia.
Scientific reports
|July 9, 2024
概括
研究人员研究了黑色素瘤血生物标志物中的副本数变异 (CNVs). 虽然CDK基因并不显著,但低覆盖全基因组测序确定了常见的CNV区域,而DIP2C显示了未来液体活检分析的潜力.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- 恶性黑色素瘤 (MM) 呈现出许多遗传变异和快速转移.
- 非侵入性血生物标志物对于诊断和监测MM进展至关重要.
- 在无细胞DNA (cfDNA) 中的拷贝数变异 (CNV) 是潜在的生物标志物.
研究的目的:
- 通过CNV分析识别恶性黑色素瘤的新型血生物标志物.
- 评估CDK基因 (CDKN2A,CDKN2B,CDK4) 作为CNV生物标记物的有用性.
- 使用低覆盖全基因组测序 (lcWGS) 探索血中常见的CNV区域.
主要方法:
- 在基因DNA (gDNA) 上使用多重结合依赖探针放大 (MLPA) 和在循环瘤DNA (ctDNA) 上使用滴滴数字PCR (ddPCR) 分析CDK基因中的CNV.
- 血样本的低覆盖全基因组测序 (lcWGS) 以确定频繁的CNV位置.
- 使用ddPCR验证所选的CNV生物标志物 (KIF25,E2F1,DIP2C,TFG).
主要成果:
- 在33.3%的FFPE样本 (高级阶段) 中发现了CDK基因中的CNV变异.
- 与健康对照组相比,或在手术前和手术后的样本之间,在血中没有检测到CDK基因CNV的显著差异.
- lcWGS在6q27,4p16.1,10p15.3,10q22.3,13q34,18q23,20q11.21-q13.12,以及22q13.33.33的常见CNV区域中发现了这些区域.
- ddPCR验证显示,对选定的基因与lcWGS具有可变一致性 (两种模型的54%和46%).
- DIP2C已成为进一步研究的潜在生物标志物.
结论:
- 在恶性黑色素瘤中,CDK基因不是适用于液体活检的CNV生物标志物.
- lcWGS有效地识别了血中经常变化的染色体区域.
- 基因DIP2C显示为未来MM液体活检研究的潜在生物标志物.
