表达全基因组关联研究确定了四种猪组织中与代谢和免疫功能丰富的关键调节变异

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 动物科学动物科学
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 表达量的特征位点 (eQTL) 研究整合了DNA基因型和RNA测序,以绘制基因表达调节者的地图.
• 以前的猪eQTL研究集中在纯种品种的商业特征上,忽视了动物的强度和健康.
• 了解健康和新陈代谢的遗传调节对于改善动物福祉至关重要.

研究的目的:

• 用肝脏,肺,脏和肌肉的转录组数据在杂交猪中识别新的eQTL调节区域.
• 发现与调节猪代谢和健康相关特征相关的转录因子 (TFs).
• 为公众提供一个全面的eQTL数据集.

主要方法:

• 在100只三向杂交的雌性终结者身上进行了表达全基因组关联研究 (eGWAS).
• 分析了来自肝脏,肺,脏和肌肉组织的转录组,使用535,896个基因型.
• 确定了cis-和trans-eQTL,eQTL热点以及相关的转录因子.

主要成果:

• 确定了4,293个 (肝脏),10,630个 (肺),4,533个 (脏) 和6,871个 (肌肉) 的eQTL区域.
• 在所有四种组织中发现了与免疫相关的生物过程丰富的eQTL热点.
• 在脏中确定了ERF和ZNF45转录因子,在基因表达调节中发挥关键作用.

结论:

• 确定了超过26,000个eQTL地区,为猪遗传研究提供了宝贵的公共资源.
• 基因组区域表现出组织特异性的调节作用,一些共享区域影响新陈代谢和免疫力.
• 这项研究为猪中重要的健康和代谢特征的复杂遗传调节提供了新的见解.