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Updated: Jun 21, 2025
09:37
Bioreactor Assembly for Continuous Culture of Complex Fecal Communities
Published on: April 25, 2025
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层次化的多任务深度学习-辅助人类肠道微生物群的构建-反应性氧物种-清理酶数据库
Yueyang Yan1, Zhanpeng Shi1, Yongrui Zhang2
1College of Veterinary Medicine, Jilin University, Changchun, China.
mSphere
|July 12, 2024
概括
反应性氧物种 (ROS) 可以破坏细胞和DNA,导致炎症. 这项研究介绍了人类肠道微生物群ROSes DB,这是一个新的数据库,用于识别ROS清理酶并了解肠道中的氧化应激.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物化学 生化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 反应性氧物种 (ROS) 是氧气减少的副产品,包括超氧化离子,过氧化和基.
- 氧化剂和抗氧化剂之间的不平衡会导致氧化应激,细胞损伤和病理性炎症.
- 微生物拥有可以减轻ROS影响的酶,这对于维持宿主健康和肠-器官轴平衡至关重要.
研究的目的:
- 为了解决缺乏对ROS清除酶 (ROSes) 的全面数据库的问题.
- 开发一个系统的工作流和深度学习方法来收集和预测ROSes.
- 为研究氧化应激和人类肠道中的微生物相互作用建立一个有价值的资源.
主要方法:
- 设计了一个系统的工作流程,包含三个模块.
- 在数据收集和扩展方面采用了层次化的多任务深度学习方法.
- 开发了人类肠道微生物ROSes数据库 (http:///39.101.72.186/).
主要成果:
- 开发的数据库包含7,689条ROSes.的条目.
- 数据库提供了用户友好的浏览和搜索功能.
- 它有助于探索微生物相互作用和分析ROSes网络.
结论:
- 人体肠道微生物群ROSes DB是了解氧化应激机制的新资源.
- 该数据库有助于制定与肠-器官轴有关的疾病的策略.
- 它支持对微生物沟通和肠道微生物组中ROS的进化动态的研究.
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